Muchos cargadores permiten al usuario especificar opciones que modificar el procesamiento estándar descrito. Muchos cargadores tienen un lenguaje especial de mandatos que se utiliza para especificar opciones. Algunas veces existe un archivo independiente de entrada al cargador que contiene esas proposiciones de control. En ocasiones esas mismas proposiciones también pueden estar intercaladas en el flujo primario de entrada entre los programas objeto. En ciertos sistemas el programador puede incluso introducir proposiciones de control del cargador en el programa fuente, y el ensamblador o el compilador retienen esos mandatos como parte del programa objeto.
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